بخش کلیه و غدد (مریم)
خش کلیه کودکان توسط دکتر حسن اتوکش و دکتر احمد مشعوف راه‌اندازی شد.در سال ۱۳۶۹، دکتر حسن اتوکش ریاست آن را برعهده گرفتند و با همکاری ۳ فوق‌تخصص کلیه کودکان دکتر نکیسا هومن از سال ۱۳۸۰ و دکتر آذر نیک‌آور از سال ۱۳۸۳ و دکتر رزیتا حسینی از سال ۱۳۹۰ تاکنون به کار خود ادامه می‌دهد. بخش کلیه کودکان این مرکز محل ارجاع بیماران کلیوی ، پیوند و دیالیز کودکان و نوجوانان از سراسر کشور شده است. بخش دیالیز نیز در سال ۱۳۷۴ راه‌اندازی شد که هم‌اکنون علاوه‌بر انجام همودیالیز، با تلاش‌های سرکار خانم دکتر هومن، پیشتاز دیالیز صفاقی در کودکان بوده و مرکز آموزش دیالیز صفاقی به پرستاران در سطح کشور است. همچنین از سال ۱۳۷۶ این بخش نقش بسزایی در بیماران پیوند کلیه با همکاری بیمارستان لبافی‌نژاد و بیمارستان حضرت رسول داشته است و یکی از مهم‌ترین مراکز پیوند کلیه کودکان و نوجوانان در کشور می‌شود.
بخش غدد کودکان توسط دکتر مریم رزاقی‌آذر فوق‌تخصص غدد کودکان در سال ۱۳۷۱راه‌اندازی شد. در سال ۱۳۷۸، دکتر فرزانه روحانی و در سال ۱۳۸۱ دکتر امیر احمد میربلوک به همکاران این بخش اضافه شدند. این بخش جزء بخش‌های معروف غدد کودکان کشور به شمار آمده و بیماران از سراسر کشور به آن ارجاع می‌شوند. مقالات تحقیقی این بخش در مجلات داخل و خارج از کشور به چاپ رسیده و دستیاران فوق‌تخصصی این بخش اکثراً رتبه‌های اول بورد را به خود اختصاص می‌دهند.